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5.1. L’arbre des espèces

Dans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près la notion d'arbre phylogénétique. Plus précisément, nous verrons ce qu'est un arbre phylogénétique, le problème de sa reconstruction, étudierons un premier algorithme simple de reconstruction d'arbre phylogénétique, en verrons les limites. Puis, nous conclurons ce cours par un aperçu plus large des algorithmes bio informatiques, nous verrons que de très nombreux algorithmes bio informatiques existent, dont le cours ici ne laisse pas soupçonner l'existence, et nous conclurons sur les domaines d'application de la bio informatique en particulier en microbiologie.
Pour le moment donc les arbres phylogénétiques. Cette notion en fait est connectée, comme vous l'aurez sans doute compris, à la théorie de l'évolution telle que posée par Darwin qui avait compris que les espèces n'étaient pas fixes mais évoluaient et qu'une espèce évoluait en d'autres espèces, les espèces apparaissaient à partir d'espèces existantes, et il avait tracé sur ses carnets cet arbre qui est effectivement ce qu'on pourrait appeler un arbre phylogénétique. Cet arbre des espèces, comment faut-il le voir ? En fait c'est un arbre au sens de composés de nœuds qui sont les espèces et ici les 2 nœuds qui sont ici signifient que ces 2 espèces-là sont des espèces qui sont apparues par l'évolution de cette espèce ancestrale ici. Le temps figure ici dans ce sens-là, la flèche du temps, et l'événement qui d'une espèce fait apparaître 2 espèces, c'est l'événement dit de spéciation...