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5.2. L’arbre, objet abstrait

Vous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se dessinent du reste dans l'autre sens. C'est-à-dire que si on retrouve bien effectivement des branches qui connectent des noeuds, on a un noeud qui est la racine et qui est situé tout en haut et on situe en bas généralement par convention, les feuilles qu'on appelle également noeuds terminaux. Pour décrire un arbre, on peut utiliser une expression parenthésée, dont la logique s'impose assez rapidement. Voilà ici l'expression parenthésée correspondant à cette structure d'arbres. On voit cette sous-expression correspondre à ce sous-arbre. Très logiquement, cette expression correspond à ce sous-arbre. Et donc, cette expression-là correspond au sous-arbre incluant celui-ci, plus le noeud E. Et l'arbre tout entier est de noter par cette expression. Nous avons donc là un moyen non ambigu de noter une topologie, une structure d'arbre. Bien entendu, cette topologie d'arbres ne change pas suivant la manière dont on le dessine. On peut également avoir des expressions parenthésées différentes mais qui sont équivalentes du point de vue descriptif. Cette expression parenthésée est strictement équivalente à celle-ci. Elle décrit la même structure d'arbres. De même, les arbres peuvent prendre plusieurs apparences, suivant le style de dessin utilisé, la topologie reste la même. Cette manière de représenter les arbres est de loin préférée par les biologistes...