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5.3. Remplir un tableau de distances


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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5.3. Remplir un tableau de distances

Pour tenter de construire l'arbre phylogénétique d'un ensemble d'espèces, nous allons utiliser les données et génotypique ou des données génotypiques disponibles sur ces espèces. Plus clairement, nous allons utiliser des séquences d'un gène homologue de ces espèces. La première étape va consister à calculer une matrice ou tableau de ces distances. Matrice au tableau? Un point de vocabulaire qui mérite que l'on s'arrête quelques secondes pour l'expliciter. La notion de matrice, c'est une notion mathématique. La matrice est un objet mathématique ayant certaines propriétés; propriétés que l'on étudie et travaille dans le domaine de l'algèbre linéaire. La notion de tableaux est une notion d'informaticiens et de bio informaticien. On en a vu quelques exemples dans les sessions précédentes. Une matrice peut, certes, être implémentée par un tableau, c'est assez naturel mais à l'inverse soyons attentifs ; tout tableau n'est pas une matrice...

 

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