Notice
2.8. Les technologies de séquençage de l’ADN
- document 1 document 2 document 3
- niveau 1 niveau 2 niveau 3
Descriptif
Nous parlons beaucoup dans ce cours de séquences génomiques ou séquences d'ADN, que nous voyons pour des raisons algorithmiques sous forme de chaînes de caractères. Comment ces séquences, ces chaînes de caractères, sont-elles obtenues ? D'une manière très imagée, il s'agit de lire la succession des nucléotides le long d'un brin d'ADN. Je dis imagé parce que cette lecture n'est pas une opération extrêmement simple.
Le résultat de cette opération, qu'on appelle séquençage, c'est le texte dans cet alphabet de 4 lettres. Les appareils qui servent à mener cette opération de séquençage sont appelés séquenceurs. Les technologies de séquençage peuvent être qualifiées d'exponentielles pour signifier l'évolution extrêmement rapide dont ces technologies ont bénéficié ces dernières années, et quand je dis ces dernières années, il faut se souvenir que les premières séquences ont été obtenues au début des années 70, qu'il y a eu une rupture technologique majeure aux alentours de l'année 2008, qu'on a appelée NGS, pour Next Generation Sequencing, mais de façon générale plusieurs générations de technologies se sont succédé depuis grosso modo les années 90 où les progrès se sont accélérés...
Intervenant
Thème
Documentation
A noter
A noter...
Dans cette vidéo, les statistiques sur la base de séquences de l’EMBL remontent au mois de janvier 2015. Vous pouvez consulter des statistiques à jour à l’adresse http://www.ebi.ac.uk/ena/about/statistics
Dans la même collection
-
2.10. Comment trouver les gènes ?
RechenmannFrançoisParmentelatThierryL'obtention de la séquence complète d'un génome d'un organisme vivant est certes un beau résultat, mais c'est en fait le début d'une longue phase d'interprétation, d'annotations et de comparaisons.
-
2.7. Les compromis de la conception d’algorithmes
RechenmannFrançoisParmentelatThierryLa mise en oeuvre d'une structure de données appropriée permet, nous l'avons vu, d'améliorer les performances d'algorithmes. Nous en avons vu l'exemple sur la recherche d'un triplet dans un tableau de
-
2.9. Le séquençage de génomes complets
RechenmannFrançoisParmentelatThierryLes progrès dans les technologies de séquençage ont permis d'aborder le séquençage complet de génome. Là encore, les progrès ont été spectaculaires. Prenons l'exemple du projet de séquençage de la
-
2.3. Le code génétique
RechenmannFrançoisParmentelatThierryGènes et protéines, mais qu'est-ce qu'une protéine ? Une protéine, c'est également une molécule qui est constituée d'une succession de ce que l'on appelle les acides aminés. C'est donc une chaîne d
-
2.4. Un algorithme de traduction
RechenmannFrançoisParmentelatThierryUne protéine, en tant que succession d'acides aminés, peut-être vue comme le résultat d'un processus de traduction d'une chaîne de caractères écrite dans un alphabet de 4 lettres en une autre chaîne
-
2.5. Implémenter le code génétique
RechenmannFrançoisParmentelatThierryNous avons écrit le corps de l'algorithme de traduction, et nous avons fractionné la complexité d'écriture de cet algorithme en faisant appel à une fonction qui recherche dans le tableau, qui
-
2.6. Algorithmes + structures de données = programmes
RechenmannFrançoisParmentelatThierryEn écrivant le code de la fonction, qui recherche un triplet dans le tableau qui implémente le code génétique, nous avons terminé et obtenu un algorithme de traduction d'une séquence d'ADN, voire d
-
2.1. La séquence est-elle un bon modèle de l’ADN ?
RechenmannFrançoisParmentelatThierryL'ADN porte l'information génétique, plus précisément l'ADN porte les gènes, c'est-à-dire les régions de cette molécule qui portent l'information utilisée par la cellule pour synthétiser les protéines
-
2.2. Les gènes, de Mendel à la biologie moléculaire
RechenmannFrançoisParmentelatThierryLa séquence de caractères est un bon modèle de l'ADN, un des modèles possibles de l'ADN et il est bon parce qu'il est utile. On va voir en particulier que ce modèle simple peut servir de support à de
Avec les mêmes intervenants
-
5.6. La diversité des algorithmes informatiques
RechenmannFrançoisParmentelatThierryNous n'avons vu dans ce cours qu'un exemple extrêmement réduit d'algorithme bio informatique. Il existe en effet une très grande diversité de ces algorithmes bio informatiques qui sont motivés par l
-
4.8. Un algorithme récursif
RechenmannFrançoisParmentelatThierryNous avons désormais en main tous les éléments pour écrire notre algorithme de détermination d'un alignement optimal, ici d'un chemin optimal. Avec les notations que nous avons introduites, je vous
-
5.2. L’arbre, objet abstrait
RechenmannFrançoisParmentelatThierryVous l'aurez compris un arbre phylogénétique est un arbre abstrait qui n'a qu'un lointain rapport métaphorique avec un véritable arbre. L'arbre des bio-informaticiens et des informaticiens se
-
5.5. Quand les différences sont trompeuses
RechenmannFrançoisParmentelatThierryIl y a plusieurs raisons pour lesquelles la méthode UPGMA, que nous venons de voir, se révèle simpliste. L'une des raisons par exemple, c'est pourquoi quand on recalcule les distances, quand on a
-
4.7. Coûts et alignement
RechenmannFrançoisParmentelatThierryNous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce
-
4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation
RechenmannFrançoisParmentelatThierryLa distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On
-
5.1. L’arbre des espèces
RechenmannFrançoisParmentelatThierryDans cette cinquième et dernière partie de notre cours sur le génome et les algorithmes, qui se veut une introduction à l'analyse informatique de l'information génétique, nous regarderons de plus près
-
4.3. Quantifier la similarité de deux séquences
RechenmannFrançoisParmentelatThierryLe principe est donc de rechercher, dans les bases de données, des séquences similaires à celles que nous sommes en train d'étudier. Nous faisons aussi l'hypothèse que plus les séquences sont
-
4.10. Cet algorithme est-il efficace ?
RechenmannFrançoisParmentelatThierryLa version itérative de notre algorithme d'alignement optimal de séquences est indéniablement beaucoup plus efficace que sa version récursive, puisque nous avons vu qu'il permettait d'éviter que le
-
5.4. L’algorithme UPGMA
RechenmannFrançoisParmentelatThierryL'algorithme, que nous allons étudier pour la reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir des distances, s'appelle UPGMA. Un nom plutôt compliqué pour une méthode qui est plutôt simple. Et même,
-
4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux
RechenmannFrançoisParmentelatThierryNous cherchons à concevoir un algorithme capable de déterminer l'alignement optimal de 2 séquences. Et nous avons vu que ça revient à chercher un algorithme qui recherche un chemin optimal dans une
-
5.7. Les applications en microbiologie
RechenmannFrançoisParmentelatThierryUne très grande diversité, on l'a vu, d'algorithmes en bio-informatique, motivé par la résolution de problèmes différents. Ces algorithmes, ces recherches en bio-informatique, s'appuient sur des
Sur le même thème
-
jasmin dall'agnola, lara croft. doing fieldwork under surveillance
Lara Croft. Doing Fieldwork Under Surveillance Intervention de Jasmin Dall'Agnola (The George Washington University), dans le cadre du Colloque coorganisé par Anders Albrechtslund, professeur en
-
jan czarnocki, containing predictive tokens in the eu
CzarnockiJanContaining Predictive Tokens in the EU – Mapping the Laws Against Digital Surveillance, intervention de Jan Czarnocki (KU Leuven), dans le cadre du Colloque coorganisé par Anders Albrechtslund,
-
Ivan Murit - Processus de création d'images
MuritIvanJe vais présenter une manière décalée d'aborder les outils d'impression. Pour cela nous ne partirons pas de l'envie d'imprimer une image préexistante, mais d'avant cela : comment se crée une forme
-
Le Creativ’Lab, au cœur de la robotique et de l’intelligence artificielle (ASR N°18 - LORIA)
HénaffPatrickLefebvreSylvainLe LORIA, laboratoire phare de la Grande Région dans le domaine de l’informatique, propose de rendre la recherche plus ouverte, plus collaborative, plus ambitieuse… en un mot, plus créative, à travers
-
Les algorithmes de Parcoursup
MathieuClaireL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l
-
Algorithmes d'aide à la décision publique / Ouverture
RéveillèreLaurentMaveyraud-TricoireSamuelBlancXavierBertrandYvesMainguenéMarcL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l
-
Quelques enjeux autour des algorithmes d'aide à la décision publique
TarissanFabienL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l
-
Un nouveau système de répartition des greffons cardiaques utilisant un algorithme
DorentRichardL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l
-
Règles, calcul et politique : investigation des choix de programmation inaperçus pour les aides au …
MerigouxDenisL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l
-
Algorithmes de décision publique : élaboration, évaluation et évolutions
MathieuClaireDorentRichardMerigouxDenisDauchetMaxKirchnerClaudeCattanJeanGimbertHugoL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l
-
La vérification déductive avec l'outil WHY3
FilliâtreJean-ChristopheL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l
-
Retour sur quelques effets juridiques modérément contrôlés de la règlementation sur les "algorithme…
WagenerNoéL’objectif de la journée « Algorithmes d’aide à la décision publique » était de sensibiliser le grand public aux rôles des algorithmes d’aide à la décision publique utilisés par exemple pour l