Notice
3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ?
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Descriptif
Nous avons vu qu'il était possible, ou du moins nous le pensions, améliorer la qualité de prédiction des gènes sur un génome bactérien en introduisant des démarches supplémentaires, de recherches de sites de RBS par exemple, ou d'avoir recours à des approches probabilistes du type chaînes de Markov.
A un moment donné, il faut se poser la question de savoir si, véritablement, ces algorithmes progressent, autrement dit, comment peut-on évaluer la qualité de prédiction d'un algorithme. Eh bien, une approche possible, c'est d'appliquer un prédicteur sur un génome bien connu, c'est-à-dire qui a été annoté et dont les annotations, les prédictions ont été confirmées de façon expérimentale. Ça pourrait être le cas pour le génome de la bactérie Escherichia coli qui est un organisme modèle étudié depuis fort longtemps et de façon très approfondie. Cependant, il faut bien reconnaître qu'en pratique, il y a très peu de génomes qui ont été annotés et confirmés par des démarches expérimentales...
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