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4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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4.1. Comment prédire les fonctions des gènes/protéines ?

Après avoir regardé dans les yeux, les semaines précédentes, l'ADN, vu comment cet ADN par séquençage produisait des textes, des séquences génomiques, étudié la relation entre gènes et protéines, gènes portant l'information qui est utilisée par la cellule pour produire une ou plusieurs protéines, et s'étant intéressés à la prédiction de gènes, c'est-à-dire à la prédiction de la localisation des gènes sur les séquences d'ADN. La question suivante à aborder est : comment prédire la fonction de ces gènes et de ces protéines ? Quels rôles dans la cellule jouent les protéines codées par les gènes ? En pratique, il n'existe pas véritablement d'algorithme de prédiction de la fonction et tout se fait, comme nous allons le voir, par comparaison de séquences et recherche de séquences similaires et récupération de la fonction associée.
Cette partie entière va être dédiée à l'étude d'un algorithme de comparaison de séquences.
Donc pas d'algorithme pour prédire la fonction d'une protéine ou, en utilisant un raccourci de langage, la fonction du gène correspondant, mais la possibilité d'interroger des bases de données. De quoi s'agit-il ? On avait vu que les laboratoires qui produisent des séquences et les annotations de ces séquences pouvaient déposer leurs séquences dans une banque de données du genre GeneBank ou MBL, c'était pour les séquences d'ADN. La même démarche peut être effectuée pour les séquences protéiques, cette fois-ci avec les fonctions associées, dans par exemple une base UniProt où là, le principe est un peu différent puisque il y a une étape de filtrage par des experts avant que les séquences soient effectivement déposées dans la banque...

  •  
    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 1 Juin 2015
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
    Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
    Collections : 4. Comparaison de séquences
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
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    Langue : Français
    Mots-clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusés sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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