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4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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4.6. Si un chemin est optimal, tous ses chemins partiels sont optimaux

Nous cherchons à concevoir un algorithme capable de déterminer l'alignement optimal de 2 séquences. Et nous avons vu que ça revient à chercher un algorithme qui recherche un chemin optimal dans une grille. Chemin optimal, c'est-à-dire de coût de score minimal.
Pour bâtir cet algorithme, nous allons nous appuyer sur une propriété de ce chemin optimal qui est la suivante : si un chemin de longueur l est optimal, alors le chemin de longueur l-1 l'est aussi. Comment prouver cette propriété ? Très simplement en fait par l'absurde. C'est-à-dire qu'on va faire l'hypothèse contraire. C'est-à-dire que si le chemin de longueur L est optimal, il se peut que le chemin de longueur L-1, qu'il existe un chemin de longueur L-1 qui ne le soit pas. Et on arrivera à une contradiction. Ce qui va montrer par l'absurde, la véracité de cette affirmation-là. On voit également qu’un chemin de longueur L-1 correspond sur l'alignement à un alignement de longueur L-1 également. Correspondance, on l'avait vu, entre alignement et chemin...

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 1 Juin 2015
    Durée du programme : 4 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
    Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
    Collections : 4. Comparaison de séquences
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
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    Langue : Français
    Mots-clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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