Atlas français des bactéries du sol

Les microorganismes du sol comptent parmi les organismes vivants les plus abondants et les plus diversifiés à l’échelle de notre planète. Ils sont essentiels dans le fonctionnement biologique des sols. En effet, ils sont impliqués dans des fonctions d’intérêt : dynamique des matières organiques et cycles du carbone et de l’azote, biodisponibilité des éléments nutritifs, dégradation de polluants organiques, rétention de polluants métalliques, action sur la structure des sols, etc. Néanmoins, la compréhension de l’écologie des communautés microbiennes des sols a longtemps été limitée par leurs spécificités : taille variant entre 1 et 10 μm, très fortes densité (109 bactéries et 106 champignons par g de sol) et
diversité (106 taxons bactériens et 104 taxons de champignons par g de sol) ; associées à un certain manque de généricité des études principalement mises en oeuvre à l’échelle de la parcelle et n’incluant que peu de sites différents.

Depuis 20 ans, les évolutions techniques en biologie moléculaire, permettant de caractériser les communautés microbiennes directement à partir de l’ADN extrait du sol, associées à la mise en place de réseaux d’observation à grande échelle ont permis des avancées significatives dans la compréhension de l’écologie microbienne des sols. En France, grâce au Réseau de Mesures de la Qualité des Sols (RMQS) mis en place dans les années 2000 (Groupement d’intérêt scientifique
Sol, www.gissol.fr), les communautés microbiennes des sols ont pu être caractérisées en termes d’abondance et de diversité sur 2 200 échantillons de sols répartis sur l’ensemble du territoire national. Les données produites ont pu être mises en regard des données environnementales disponibles (type de sol, climat, mode d’usage…). Ceci a permis de démontrer que l’abondance des microorganismes, de la biodiversité bactérienne et des taxons bactériens des sols français était distribuée de manière hétérogène sur le territoire ; d’identifier les déterminants environnementaux supportant ces distributions (caractéristiques physico-chimiques des sols, mode d’usage du sol…) ; de décrire les interactions entre taxons bactériens (la « bactériosociologie ») et de caractériser des habitats microbiens faisant le lien entre des conditions environnementales et une communauté bactérienne. L’Atlas français des bactéries du sol est un ouvrage naturaliste à destination des étudiants, des enseignants, des chercheurs, des acteurs socio-professionnels, des gestionnaires de la biodiversité et du grand public qui fait la synthèse de ces connaissances. Pour cela, il s’appuie sur trois ensembles de fiches : les caractéristiques globales des communautés microbiennes des sols (abondance, diversité, composition et interactions), les caractéristiques des phyla bactériens et d’archées (aire de répartition en France, écologie, bactériosociologie), les caractéristiques des habitats microbiens.

Cet Atlas constitue ainsi une ressource pédagogique, un outil de vulgarisation, mais aussi et surtout une source d’informations pour la gestion pratique de la biodiversité microbienne des sols, les données acquises constituant aujourd’hui des référentiels reconnus (ADEME, OFB) de qualité microbiologique des sols et la base d’outils de diagnostic.

>> Nicolas Chemidlin, Maître de conférences, Agrosup Dijon