Le microbiote du sol et le dépérissement du vignoble

Le dépérissement des vignobles est caractérisé par une diminution prématurée de la productivité des ceps pouvant aller jusqu’à leur mort. Les causes de ce dépérissement sont multiples, telles que les maladies liées à des agents pathogènes, l’alimentation hydrique et minérale des plants, les modifications climatiques ou l’impact de certaines pratiques culturales.
La qualité du sol, et plus particulièrement la vie microbiologique des sols, est souvent considérée comme un bon indicateur de la santé globale du vignoble. L’ensemble des micro-organismes (bactéries, champignons et virus) présents dans la rhizosphère (portion de sol collée aux racines) constitue le microbiote rhizosphérique. Ces micro-organismes peuvent être soit pathogènes, soit neutres, soit bénéfiques pour la croissance des plantes. Les micro-organismes favorables tels
que les champignons mycorhiziens à arbuscules (CMAs), peuvent, entre autres, faciliter l’accès aux ressources minérales et hydriques. D’autres, comme certaines bactéries dites promotrices de croissance (PGPB pour Plant Growth Promoting Bacteria), agissent via la production des composés de type hormonaux. Des modifications de l’équilibre entre les microorganismes favorables et défavorables pourraient contribuer au dépérissement des vignes. Cela n’a pas été démontré à ce jour.

Afin d’évaluer si certains dépérissements, en l’absence de causes pathologiques identifiées, sont liés à une déficience du fonctionnement du microbiote de la rhizosphère, le projet Vitirhizobiome, financé par le Plan National de lutte contre le Dépérissement du Vignoble (PNDV), a débuté en novembre 2018. Des échantillons de sols ont été prélevés dans le Médoc et les Graves dans quatre parcelles présentant des zones de dépérissement sans causes pathologiques identifiées.
Des analyses physico-chimiques, microbiologiques et moléculaires ont été réalisées sur des prélèvements effectués dans une zone dite « dépérissante » et dans une zone dite « saine » de chaque parcelle. Ces analyses révèlent des différences significatives en termes de composition microbiologique, avec une densité bactérienne et des activités enzymatiques inférieures dans les zones dépérissantes par comparaison aux zones saines. Du sol de l’inter-rang de chacune des deux
zones a ensuite été prélevé dans l’une des quatre parcelles afin de réaliser des expérimentations en serre pour tester, en conditions plus contrôlées : 1) l’effet de la composition du sol sur le fonctionnement du microbiote de la rhizosphère et des racines, 2) l’effet du microbiote du sol sur le développement de la plante greffée chez deux combinaisons de greffon/porte-greffe et 3) l’effet de l’ajout de PGPB et de CMA sur le fonctionnement du rhizobiome dans un sol entrainant un fort
dépérissement.

Les résultats obtenus soulignent bien qu’il existe des différences dans la composition des communautés microbiennes du sol entre les zones dépérissantes et saines. À terme, ces résultats vont permettre de proposer des couples de porte-greffes/greffons mieux adaptés au sol et aux conditions climatiques, car aptes à s’associer avec les microorganismes les plus positifs. Des bactéries stimulatrices de croissance ont également été identifiées et pourraient être ajoutées lors des complantations pour renforcer le développement du plant dans le cadre d’une démarche de bio-contrôle.

>> Virginie Lauvergeat, Maître de conférences, Université de BOrdeaux, rattachée à l'UMR EGFV