Canal-U

1.4. Qu’est-ce qu’un algorithme ?

Les génomes peuvent donc être vus comme une longue suite de lettres écrites dans l'alphabet : A, C, G et T.
Comment interpréter ces textes ? Ça va être le sujet de la bio-informatique à l'aide d'algorithmes appropriés.
Qu'entend-on par algorithme ? Un algorithme peut être vu comme une suite d'opérations à exécuter pour résoudre un problème ou, plus généralement, une classe de problèmes. Notre premier algorithme ici, va avoir comme objectif de compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit de compter les lettres composant une chaîne de caractères associée à une séquence génomique. Souvent, on utilise la métaphore de la recette de cuisine pour parler d'un algorithme. Cette métaphore, comme souvent, il faut savoir l'arrêter. Certes, une recette de cuisine est une suite d'opérations à effectuer mais quand on doit écrire un algorithme, on ne peut pas se contenter disons du flou, de l'imprécision et des raccourcis qu'on utilise dans une recette de cuisine. Pensez à une pincée de sel, une cuillère à soupe d'oeufs, bien mélanger, mettre les oeufs dans la farine. Est-ce qu'on vous dit qu'avant de mettre les oeufs dans la farine, il faut les casser ? Non, parce que c'est implicite...