1.9. Prédire l’origine de réplication

Dans la même collection

1.1. La cellule, atome du vivant

1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN

1.3. L’ADN code l’information génétique

1.4. Qu’est-ce qu’un algorithme ?

1.5. Compter les nucléotides

1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences

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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria

1.1. La cellule, atome du vivant

1.2. Au cœur de la cellule, la molécule d’ADN

1.3. L’ADN code l’information génétique

1.4. Qu’est-ce qu’un algorithme ?

1.5. Compter les nucléotides

1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences

1.8. Changer l’échelle du chemin

1.7. Promenade sur l’ADN

1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes

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1.9. Prédire l’origine de réplication

Nous avons écrit un algorithme sympathique en ce qu'il dessine un chemin conforme à la succession des lettres d'une séquence génomique. Cet algorithme simple, au-delà du dessin qu'il produit, est-il susceptible de produire des résultats interprétables par un biologiste ? La réponse est oui. Nous allons l'appliquer sur une séquence de bactéries et voir qu'effectivement des dessins produits sont assez surprenants. Mais avant cela, il faut revenir sur le code de notre algorithme. La raison en est la suivante.
Rappelez-vous, nous avons une fenêtre de longueur fixe, longueur L, que l'on fait progresser sur une séquence génomique de longueur connue. Et à chaque fois, pour chaque position de la fenêtre, nous calculons le nombre de A, de C, de G et de T présents dans la fenêtre, nous en déduisons les coordonnées de l'extrémité du segment à tracer, nous traçons le segment et nous faisons avancer la fenêtre de sa propre longueur. Nous arrivons à la fin de la séquence...

ERRATUM

Une correction a été apportée dans l'algorithme présenté dans les slides 2 et 3 (cf. onglet Erratum pour plus de détails).

Label UNT : UNIT
Date de réalisation : 1 Juin 2015

Durée du programme : 8 min

Classification Dewey : biologie application informatique
Catégorie : Vidéocours

Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1

Disciplines : Sciences de la vie, Sciences du vivant, Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique, Informatique

Collections : 1. ADN et séquences génomiques

ficheLom : Voir la fiche LOM
Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
Langue : Français

Mots-clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation

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