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2.10. Comment trouver les gènes ?

L'obtention de la séquence complète d'un génome d'un organisme vivant est certes un beau résultat, mais c'est en fait le début d'une longue phase d'interprétation, d'annotations et de comparaisons. Par annotations, on entend quoi? On entend d'abord la prédiction des positions des gènes, où sont situés les gènes, où le gène commence-t-il, où se termine-t-il ? Une fois qu'on connaît cette position de début et de fin dans un gène bactérien, on est capable de prédire par traduction la protéine. De là, l'étape supplémentaire serait de dire quelle est la ou quelles sont les fonctions de la protéine codée par ce gène? Donc annoter un génome, c'est à la fois déterminer la position des gènes et les fonctions des protéines. 

Là aussi, quelques ordres de grandeur. Le génome bactérien typiquement Escherichia coli, on l'a vu, 4,5 méga bases pour à peu près 4 500 gènes. Le génome humain, 3,5 milliards de bases pour approximativement 20 000 gènes, on a envie de dire seulement! Oui en fait, ce n'est pas tellement le nombre de gènes qui va compter là que le nombre de protéines. Un gène chez un eucaryote peut coder pour plusieurs protéines. De plus, ces protéines subissent des transformations qu'on appelle post traductionnelles, qui font que la variété de protéines produites au sein des cellules humaines est d'un ordre de grandeur supérieur probablement au nombre de gènes...