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3.3. À la recherche des codons start et stop


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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3.3. À la recherche des codons start et stop

Nous avons écrit la structure, l'ossature d'un algorithme de prédiction de gènes dans un génome bactérien, en utilisant les principes que nous avions énoncés précédemment. Cet algorithme est incomplet puisque pour l'instant, nous avons repoussé l'écriture des 2 fonctions nécessaires à la recherche des occurrences des triplets Stop et Start. C'est donc ce que nous allons faire maintenant.

Comment faire pour rechercher l'occurrence d'un triplet ? En fait l'algorithme est très simple, très naïf, il consiste à comparer chaque lettre du triplet à chaque lettre de la séquence, et faire progresser, si aucune correspondance n'est trouvée, faire correspondre le motif le long de la séquence jusqu'à avoir trouvé une occurrence. Regardons ce qui se passe. 
Ici, c'est simple, on compare le T avec le A, il n'y a pas de correspondance donc on avance directement au triplet suivant, ce n'est pas la peine de regarder les autres lettres...


ERRATUM

Une erreur s'est glissée dans le code du transparent 8, cf. correction détaillée dans l'onglet Erratum.

  •  
    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 1 Juin 2015
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
  •  
    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
    Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
    Collections : 3. Prédiction des gènes
    ficheLom : Voir la fiche LOM
  •  
    Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
  •  
    Langue : Français
    Mots-clés : génomique, algorithmique, codon, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusés sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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