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4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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4.4. L’alignement de séquences devient un problème d’optimisation

La distance de Hamming nous donne une première possibilité de mesurer la similarité entre 2 séquences. Mais elle ne reflète pas suffisamment la réalité biologique. Qu'est-ce que j'entends par là ? On a parlé de mutations et nous avons vu qu'il y avait 3 types de mutation : les substitutions et les insertions délétions. Insertion dans une séquence, délétion dans l'autre et vice versa.
Il faut tenir compte de cette catégorie de mutation, c'est pourquoi il nous faut changer notre manière effectivement d'évaluer la différence et à l'inverse la similarité entre 2 séquences.

Prenons cet exemple de 2 séquences ici d'ADN. Si nous comptons les différences, nous en trouvons 10. Maintenant, on peut faire des hypothèses qui font que le nombre de différences va se retrouver considérablement réduit. On va faire l'hypothèse ici que ce G qui est là, dans cette deuxième séquence, résulte d'une insertion entre le T et le A qui est ici, insertion que je vais noter par ce caractère qu'on appelle caractère "blank", un tiret...

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 1 Juin 2015
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
    Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
    Collections : 4. Comparaison de séquences
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
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    Langue : Français
    Mots-clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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