Notice
Bio-informatique et applications
- document 1 document 2 document 3
- niveau 1 niveau 2 niveau 3
Descriptif
La séquence de caractères est un des objets que lesinformaticiens connaissent bien et pour lequel ils ont développé de trèsnombreux algorithmes. C’est donc très naturellement que l’informatique et lessciences du vivant se sont rencontrées autour de la problématique de l’analysedes séquences génomiques.
Thème
Avec les mêmes intervenants et intervenantes
-
1.4. What is an algorithm?
RECHENMANN François
We have seen that a genomic textcan be indeed a very long sequence of characters. And to interpret this sequence of characters, we will need to use computers. Using computers means writing program.
-
2.2. Genes: from Mendel to molecular biology
RECHENMANN François
The notion of gene emerged withthe works of Gregor Mendel. Mendel studied the inheritance on some traits like the shape of pea plant seeds,through generations. He stated the famous laws of inheritance
-
2.10. How to find genes?
RECHENMANN François
Getting the sequence of the genome is only the beginning, as I explained, once you have the sequence what you want to do is to locate the gene, to predict the function of the gene and maybe study the
-
3.8. Probabilistic methods
RECHENMANN François
Up to now, to predict our gene,we only rely on the process of searching certain strings or patterns. In order to further improve our gene predictor, the idea is to use, to rely onprobabilistic methods
-
4.3. Measuring sequence similarity
RECHENMANN François
So we understand why gene orprotein sequences may be similar. It's because they evolve togetherwith the species and they evolve in time, there aremodifications in the sequence and that the sequence
-
5.3. Building an array of distances
RECHENMANN François
So using the sequences of homologous gene between several species, our aim is to reconstruct phylogenetic tree of the corresponding species. For this, we have to comparesequences and compute distances
-
1.7. DNA walk
RECHENMANN François
We will now design a more graphical algorithm which is called "the DNA walk". We shall see what does it mean "DNA walk". Walk on to DNA. Something like that, yes. But first, just have a look again at
-
2.6. Algorithms + data structures = programs
RECHENMANN François
By writing the Lookup GeneticCode Function, we completed our translation algorithm. So we may ask the question about the algorithm, does it terminate? Andthe answer is yes, obviously. Is it pertinent,
-
3.3. Searching for start and stop codons
RECHENMANN François
We have written an algorithm for finding genes. But you remember that we arestill to write the two functions for finding the next stop codonand the next start codon. Let's see how we can do that. We
-
4.1. How to predict gene/protein functions?
RECHENMANN François
Last week we have seen that annotating a genome means first locating the genes on the DNA sequences that is the genes, the region coding for proteins. But this is indeed the first step,the next very
-
4.10. How efficient is this algorithm?
RECHENMANN François
We have seen the principle of an iterative algorithm in two paths for aligning and comparing two sequences of characters, here DNA sequences. And we understoodwhy the iterative version is much more
-
5.7. The application domains in microbiology
RECHENMANN François
Bioinformatics relies on many domains of mathematics and computer science. Of course, algorithms themselves on character strings are important in bioinformatics, we have seen them. Algorithms and
Sur le même thème
-
Le projet dnarXiv : Stockage de données sur des molécules d'ADN
LAVENIER Dominique
DUPRAZ Elsa
LEBLANC Julien
COATRIEUX Gouenou
Dominique Lavenier, Elsa Dupraz, Julien Leblanc et Gouenou Coatrieux nous présentent le projet dnarXiv, un projet porté par le LabEx CominLabs qui explore le stockage de données sur des molécules d
-
21 Molecular Algorithms Using Reprogrammable DNA Self-Assembly
WOODS Damien
The history of computing tells us that computers can be made of almost anything: silicon, gears and levers, neurons, flowing water, interacting particles or even light. Although lithographically
-
Des métiers de la bio-informatique
Courtes vidéos pour sensibiliser le jeune public aux débouchés/métiers de la filière numérique et pour promouvoir les sciences du numérique, plus globalement les carrières scientifiques.L'objectif est
-
Reasoning over large-scale biological systems with heterogeneous and incomplete data
SIEGEL Anne
Data produced by the domain of life sciences in the next decade are expected to be highly challenging. In addition to scalability issues which are shared with other applications domains, data produced
-
Biological Networks Entropies: examples in neural, genetic and social networks
DEMONGEOT Jacques
The networks used in biological applications at different scales (molecular, cellular and populational) are of different types, genetic, neuronal, and social, but they share the same dynamical
-
Génomique et informatique
RISLER Jean-Loup
La presse généraliste, et bien entendu la presse spécialisée, se font régulièrement l'écho du séquençage complet d'un nouveau génome. Il est cependant impossible pour le grand public de se rendre
-
Apport de l'informatique à la génomique des cancers
VIARI Alain
La plupart des gènes de notre génome sont présents en deux copies (une sur chaque chromosome homologue). Dans un génome tumoral, en revanche, il est fréquent d'observer soit des pertes soit, au
-
1.3. L’ADN code l’information génétique
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
L'ADN, cette longue molécule, porte l'information génétique. Autrement dit, l'information qui est nécessaire à la cellule pour fonctionner et se reproduire. Regardons de plus près cette information
-
1.7. Promenade sur l’ADN
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Quand les biologistes se sont trouvés confrontés au premier texte génomique, dans la deuxième moitié des années 70, ils ont été quelque peu désemparés. On peut le comprendre. Encore une fois, regardez
-
2.4. Un algorithme de traduction
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Une protéine, en tant que succession d'acides aminés, peut-être vue comme le résultat d'un processus de traduction d'une chaîne de caractères écrite dans un alphabet de 4 lettres en une autre chaîne
-
2.10. Comment trouver les gènes ?
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
L'obtention de la séquence complète d'un génome d'un organisme vivant est certes un beau résultat, mais c'est en fait le début d'une longue phase d'interprétation, d'annotations et de comparaisons.
-
4.5. Un alignement de séquences vu comme un chemin dans une grille
RECHENMANN François
PARMENTELAT Thierry
Pour comparer deux séquences entre elles, il faut donc les aligner. Aligner ces deux séquences suppose faire des hypothèses d'insertion, délétion, aux bons endroits. Ça signifie, d'un point de vue