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1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes


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Auteur(s) :
PARMENTELAT Thierry
RECHENMANN Francois

Producteur Canal-U :
Inria
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1.10. Des fenêtres glissantes et recouvrantes

Notre sympathique algorithme de balade sur l'ADN, a permis de mettre en évidence des biais de composition de séquences, a fait apparaître sur le tracé un point de rebroussement que l'on peut interpréter comme étant l'origine de réplication. On peut donc être fier d'avoir un algorithme qui serait capable de prédire l'origine de réplication sur un génome bactérien.
Alors il faut toujours rester très modeste en bio-informatique tout simplement parce qu'on a affaire à des situations biologiques, et que la variabilité des situations biologiques est très élevée. J'en donne pour preuve l'application de ce même algorithme tracé sur le génome de Synechocystis, et vous voyez là un dessin qui ressemble plus aux gribouillis de ma petite fille qu'aux jolis tracés bien interprétables qu'on avait sur Borrelia Burgdoferi.
Alors ne soyons pas défaitistes pour autant, il faut souligner ici que Synechocystis c'est ce qu'on appelle une "archée-bactérie", c'est-à-dire d'une catégorie de bactéries particulières. Il se trouve que l'algorithme de détection des biais, et donc de l'origine de réplication, marche plutôt bien sur les bactéries. Mais on voudrait le systématiser et c'est-à-dire le rendre non visuel, être capable de faire des prédictions plus quantitatives de cette origine de réplication. Donc nous allons développer un nouvel algorithme qui cette fois-ci va être quantitatif et qui devrait nous permettre, là encore, de détecter ces biais. Il sera légèrement différent. Regardons pourquoi...


ERRATUM

Une erreur a été repérée dans le code de la slide 12 (cf. onglet Erratum pour la correction).

 

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