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1.8. Changer l’échelle du chemin


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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1.8. Changer l’échelle du chemin

Dans la session précédente, je vous ai proposé de m'accompagner dans une balade sur l'ADN. En fait un parcours de la séquence avec un tracé de segments, dont l'orientation dépendait de la lettre courante de la séquence et on a vu que ceci nous permettait effectivement de tracer un chemin. Et nous avons vu aussi très vite que nous étions rejoints par des contraintes matérielles qui étaient la taille de l'écran, le nombre de pixels qu'on pouvait afficher sur un écran, qui nous interdisait a priori d'afficher le tracé de l'ADN d'un génome de plusieurs millions de caractères.
Comment résoudre le problème ?
La réponse, c'est, eh bien on va changer l'échelle du dessin. Tout simplement de façon à ce que ce dessin puisse tenir systématiquement dans un écran de taille raisonnable. Quel est le principe ? Rappelez-vous, on a dessiné, tracé des segments, 4 segments différents suivant la lettre courante en cours de lecture dans la séquence. Et nous obtenons des chemin de ce genre-là. Donc a priori, vous voyez qu'on pourrait très vite, même si on faisait des segments plus petits, sortir de l'écran. Comment faire ? Eh bien au lieu de tracer tous les segments, on va en tracer un tous les N segments. Ici par exemple, au lieu de tracer tout ce chemin-là, je me contenterai de tracer celui-ci, et ensuite celui-ci et ensuite celui-ci. Là où il y avait 10 segments ou 15 segments ou 20 segments, j'en trace un. Et donc évidemment, je vais compacter mon chemin qui devrait pouvoir mieux tenir dans un écran. Je peux prendre un facteur de compaction de 10, de 15, de 20, voire de 1 000 si j'ai envie et si c'est nécessaire...

 

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