Notice
3.7. Index et arbre des suffixes
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Descriptif
Il y a donc deux approches pour améliorer la performance des algorithmes de recherche d'un motif dans une chaîne de caractères. La première approche consiste à pré-traiter le motif. On a vu un exemple de cette approche avec l'algorithme de Boyer-Moore. La deuxième approche consiste à pré-traiter le texte dans lequel nous recherchons les motifs. Et nous allons voir deux exemples de mise en oeuvre de cette approche. La première consiste à construire un index de mots de longueur fixe. De quoi s'agit-il ? Considérons cette chaîne de caractères, relativement courte ici, de longueur 14. Nous allons construire un index de tous les triplets qui apparaissent dans cette séquence. Voilà ce que ça donne. Vérifions. Ce triplet AA # ou # n'appartient pas à la séquence mais marque la fin de la séquence. On trouve bien une occurrence de ce triplet à la position 13. De même pour le triplet ACG, on trouve bien une occurrence, voire même l'occurrence, la seule de ACG à la position une, et ainsi de suite...
Intervention
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3.10. Gene prediction in eukaryotic genomes
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RechenmannFrançoisWe have seen a nice algorithm to draw, let's say, a DNA sequence. We will see that first, we have to correct a little bit this algorithm. And then we will see how such as imple algorithm can provide
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RechenmannFrançoisA sequence alignment between two sequences is a path in a grid. So that, an optimal sequence alignmentis an optimal path in the same grid. We'll see now that a property of this optimal path provides
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