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4.7. Coûts et alignement


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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4.7. Coûts et alignement

Nous avons vu l'ébauche de notre algorithme d'alignement optimal en considérant la possibilité de calculer le coût optimal, ou score optimal, de ce dernier noeud. Et nous avons vu que le coût de ce dernier noeud, si les coûts de ces trois noeuds-là étaient connus comme étant optimaux, eh bien le coût optimal de ce noeud était la plus petite de ces trois valeurs-là. C'est-à-dire la plus petite des 3 valeurs des chemins de longueur 1, ou celui-ci, ou celui-là, ou celui-là. Il nous faut maintenant regarder d'un peu plus près ce que sont ces coûts qui figurent sur le dessin, les coûts d'insertion Bêta, et les coûts de substitution Alpha de N,M.
Pourquoi Alpha de N,M ? Eh bien parce que, Alpha de N,M, c'est le coût de substitution de la lettre qui est là par celle-ci. De la première séquence par la lettre de la deuxième séquence, à cette position-là de l'alignement.
Ce coût Alpha de N,M, c'est en fait un élément d'une matrice qui donne les coûts de substitution d'une base par une autre, dans le cas de l'ADN, ou d'un acide aminé par un autre, dans le cas d'alignement de séquences protéiques...

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 1 Juin 2015
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
    Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
    Collections : 4. Comparaison de séquences
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
  •  
    Langue : Français
    Mots-clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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