Canal-U

1.5. Compter les nucléotides

Notre premier algorithme vise assez simplement à compter les nucléotides d'une séquence génomique, autrement dit à compter les lettres dans une chaîne de caractères. En entrée, cette chaîne de caractères, encore une fois écrite dans cet alphabet de 4 lettres, et dont la fin est marquée par un caractère particulier qu'il s'agira de reconnaître. La description d'un algorithme débute par la déclaration de ce qu'on appelle des variables. Ici nous l'avons vu, nous avons plusieurs variables : le nombre de A, le nombre de C, le nombre de G et de T qu'il faudra calculer, le nombre total de lettres dans la séquence. Et nous aurons besoin d'une variable supplémentaire appelée index qui va nous permettre de progresser dans la séquence.
Cette séquence elle-même est définie, déclarée, comme étant une chaîne de caractères débutant à l'indice 1 et de longueur non précisée, ce qu'indique ici cette notation. On peut voir une séquence de caractères sous la forme d'un tableau uni dimensionnel et chaque cellule du tableau a un indice, un index. Ici, si je réfère à séquences de index alors que index vaut 1, je fais référence au contenu : la lettre T. Si l'index ou l'indice vaut 9 : la lettre est la lettre C...