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1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

Producteur Canal-U :
Inria
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1.6. Contenu en G-C et A-T des séquences

Les algorithmes qui travaillent sur les séquences génomiques, sur les textes génomiques, doivent produire des résultats interprétables et utiles aux biologistes. Nous allons voir que même sur l'algorithme très simple que nous avons construit de comptage de nucléotides, eh bien cet algorithme produit des résultats qui ont effectivement
Revenons sur cet algorithme. Souvenez-vous : déclaration des variables, des entités, que nous allons manipuler dans l'algorithme, initialisation de ces variables. Si vous n'initialisez pas les variables correctement, les comptages ne partiront pas de la bonne valeur. Donc initialisation des variables. Et ensuite, les instructions proprement dites. Ici, identification "Est-ce que c'est un A, un G, un T ? " et incrémentation du compteur correspondant. Incrémentation du nombre de caractères, indépendamment que ça soit un A, C, G ou T. Et progression de l'index le long de la séquence jusqu'à ce qu'on arrive sur le caractère qui marque la fin de la séquence.
Cet algorithme doit effectivement exposer ces résultats et c'est pour ça que nous avions rajouté des ordres d'affichage, de longueur de la séquence avec le compteur total NB et du pourcentage de A dans la séquence, de C, de G et de T à travers ces formules de calculs très simples...

 

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