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- Label UNT : UNIT
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- Date de réalisation : 1 Juin 2015
- Durée du programme : 7 min
- Classification Dewey : biologie application informatique
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- Catégorie : Vidéocours
- Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
- Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
- Collections : 3. Prédiction des gènes
- ficheLom : Voir la fiche LOM
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- Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
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- Langue : Français
- Mots-clés : ADN, génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
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3.10. La prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes
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3.9. Comment évaluer la qualité de prédiction des méthodes ?
3.8. Des méthodes probabilistes à la rescousse
3.7. Index et arbre des suffixes
3.6. L’algorithme de Boyer-Moore
3.5. Comment améliorer la qualité des prédictions ?
3.4. Prédiction de tous les gènes d’une séquence
3.3. À la recherche des codons start et stop
3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes
3.1. Tous les gènes se terminent sur un codon stop
3.10. La prédiction de gènes dans les génomes eucaryotes
Si nous disposons actuellement de prédicteurs de gènes dans les génomes procaryotes de très bonne efficacité, avec des prédictions relativement fiables, c'est en fait loin d'être le cas sur les génomes eucaryotes. Pour quelles raisons ?
La première raison, c'est qu'il existe dans les génomes eucaryotes de très longues régions intergéniques. Les régions intergéniques, ce sont des régions qui se situent entre 2 gènes. Dans un gène bactérien, si vous posez le doigt métaphoriquement parlant évidemment, sur un passage du génome, il y a une forte probabilité que vous soyez dans une région codante. Si vous faites la même chose sur un génome eucaryote, il y a une très forte probabilité que vous soyez sur une région intergénique. A tel point que, dans le génome humain qui est un génome eucaryote, les gènes constituent moins de 5 % de la longueur totale du génome. De plus, les gènes eucaryotes sont interrompus, ils sont structurés en mosaïque. Les régions codantes sont interrompues par ce qu'on appelle des introns, et donc nous avons une structure en exon codant, intron non codant, exon codant, et ainsi de suite...
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