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3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes


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Auteur(s) :
RECHENMANN Francois
PARMENTELAT Thierry

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3.2. Un algorithme simple de prédiction de gènes

Sur la base des principes énoncés précédemment, nous allons écrire un premier algorithme de prédiction de gènes sur un texte génomique procaryote. Je rappelle ces principes. L'idée est la suivante : de rechercher des triplets STOP consécutifs dans la même phase, consécutifs de telle façon qu'effectivement il n'y ait pas un stop qui vienne se mettre au milieu et qui casserait, en quelque sorte, la région codante qui doit être traduite dans son intégralité. 
Donc, recherche de deux triplets STOP consécutifs, suffisamment éloignés l'un de l'autre pour qu'il y ait de la place pour coder une protéine fonctionnelle. 
Ensuite, on recherche le premier triplet START à partir de l'extrémité 5', de telle façon que la région codante, qui va être située entre le triplet START et le triplet STOP, soit de longueur maximale. C'est un principe, c'est une heuristique. Ce n'est pas une garantie de prédire un gène correct. 
Sur ces principes, nous pouvons écrire un algorithme, un premier algorithme de prédiction de gène...

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    Label UNT : UNIT
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    Date de réalisation : 1 Juin 2015
    Durée du programme : 5 min
    Classification Dewey : biologie application informatique
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    Catégorie : Vidéocours
    Niveau : Tous publics / hors niveau, 1er cycle, L1
    Disciplines : Outils, méthode et techniques scientifiques, Informatique
    Collections : 3. Prédiction des gènes
    ficheLom : Voir la fiche LOM
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    Auteur(s) : RECHENMANN Francois, PARMENTELAT Thierry
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    Langue : Français
    Mots-clés : génomique, algorithmique, bioinformatique, biologie cellulaire et moléculaire, modélisation
    Conditions d’utilisation / Copyright : Ces ressources de cours sont, sauf mention contraire, diffusées sous Licence Creative Commons. L’utilisateur doit mentionner le nom de l’auteur, il peut exploiter l’œuvre sauf dans un contexte commercial et il ne peut apporter de modifications à l’œuvre originale.
 

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